La riqueza de especies de aves descritas para Amboró supera los 840, más del 60% del total para Bolivia. Este número es superior al de la riqueza de aves de buena parte de los países del globo, al igual que una gran diversidad de mamiferos y reptiles.

La riqueza de reptiles, representada por 105 especies, se han registrado 109 especies de peces.

En cuanto a anfibios, se han identificado 76 especies y 50 morfotipos pertenecientes a especies nuevas en Bolivia. En el Parque se registran más de 127 especies de mamíferos, entre los que sobresale las 43 especies de murciélagos.

En cuanto a la fauna, se encuentran registradas más de 1.200 especies para el PN-ANMI Amboró, . Existe una gran diversidad de especies de mamíferos (15 marsupiales, 7 primates, 19 carnívoros, 44 quirópteros, 7 edentados, 1 perisodáctilo, 4 artiodáctilos, 1 lagomorfo y 9 roedores). Varias especies se destacan por presentar algún grado de categoría de conservación el jucumari u oso de anteojos (Tremarctos ornatus), el jaguar (Panthera onca), el puma (Felis concolor), el ocelote (Felis pardalis), otros felinos (Felis yagoaroundi, Felis wiedii, Felis geoffroyi, Felis tigrina), el oso bandera (Myrmecophaga tridáctila), el armadillo gigante (Priodontes maximus), el mono araña (Ateles paniscus), otros primates (Alouatta seniculus, Alouatta caraya, Aoutus sp., Cebus apella, Calicebus moloch, Saimiri sciureus), el bush dog (Speothos venaticus), nutrias (Lutra longicaudis), el anta (Tapirus terrestris), pecaries (Tayassu pecari, Tayassu tajacu), ciervos (Mazama americana, Mazama gouazoubira), roedores (Agouti paca, Dinomys branickii).

Es de esperarse que un futuro relevamiento que incluya el interior del parque con trampas de captura viva puestas en altura aumente la lista de mamíferos sobre todo en marsupiales, roedores y quirópteros. La riqueza de especies disminuye a medida que se asciende a los bosques nublados.

La riqueza de especies de aves descritas para Amboró supera los 840, más del 60% del total para Bolivia. Este número es superior al de la riqueza de aves de buena parte de los países del globo. Junto a los parques nacionales Manu (Perú) y el Madidi (Bolivia), es una las áreas de mayor biodiversidad de aves del mundo. Las aves que presentan algun tipo de categoría de protección ascienden a 209: 9 endémicas de Bolivia, 7 en peligro de extinción, 43 vulnerables o en declinación numérica, 33 raras, 33 de distribución restringida, Se destacan la pava copete de piedra (Pauxi unicornis), la paraba militar (Ara militaris), la paraba de frente roja (Ara rubrogenys) y varias especies de aves endémicas (Simoxenops striatus, Myrmotherula grisea, Aglaeactis pamela. Schizoeaca harterti, Grallaria erythrotis, Hemitriccus spodiops y Poospiza garleppi).

También se encuentran especies de aves relevantes para la conservación como Rupícola peruviana, Myiopsitta monachus, Ciccaba albitarsus, Coeligena coeligena, Andigena cucullata, y Thamnophilus ruficapilus.

La riqueza de reptiles, representada por 105 especies, hace de Amboró el sitio más diverso del mundo. En base al grado de endemismo y de estar categorizados en algún listado de especies con status de conservación, se destacan entre otros Prionodactylus eigenmanni, Bothrops jonathani, B. sanctaecrucis, Micrurus frontifasciatus, Caiman yacaré, Boa constrictor y Tupinambis teguixin. En cuanto a anfibios, ha pesar de solo haberse muestreado en los márgenes del parque nacional, se han identificado 76 especies y 50 morfotipos pertenecientes a especies nuevas en Bolivia. Ya con estas 76, Amboró está entre los tres sitios con mayor diversidad de anfibios del planeta (junto con Manu, con 82 y Santa Cecilia, de Ecuador, con 93) (SERNAP, 2002; Ergueta y Gomez, 1997).

Solamente en el ANMI se han registrado 109 especies de peces, reduciéndose con el incremento altitudinal. En las planicies aluviales se encuentran especies de tamaño mediano y grande que forman parte de la pesca comercial y de subsistencia como el sábalo (Prochilodus labeo), el surubí (Pseudoplatistoma fasciatum), el pacú (Piaractus brachypomus), junto a variedades no comestibles o no tan apetecibles de characidos y siluriformes. Aproximadamente los 700 metros constituyen el límite altitudinal para el surubí, el pacú y el sábalo. Ya por encima de los 1000 metros la ictiofauna disminuye notablemente .

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